1.将显微镜放置在实验室的水槽或窗户边，潮湿和灰尘都是显微镜的杀手，因放置的方式和地方选择的不对，都会极大的缩短显微镜使用寿命。
2.显微镜初学者对其基本的原理和构造了解甚少，粗暴的造作也会是显微镜易损的致命伤。如：经常搬动，取放时用力过猛，调焦时用力升降调焦系统，不能正确的调节焦距和瞳孔距等等。
3.高倍镜头的工作距离通常都非常短，如操作不当也会损伤高倍镜。如：有操作者用完100X油镜头时不擦干净或不擦，都是不好的使用习惯。
4.在转换物镜时，经常有操作者直接转动物镜头，殊不知此操作会影响光轴的同轴和齐焦。正确使用方法是应转动物镜转换器，得到想要的观察物镜。
5.将聚光镜或视场光栏开得过大或过小，还将其位置调整得过高或过低，都不能得到分辨率和锐利度最佳的显微图像。
